Es ist eine Kernaufgabe der Psychiatrischen Universitätsklinik Zürich, Ärzte zu Fachärzten Psychiatrie und Psychotherapie FMH weiterzubilden. Die Weiterbildung wird an der Klinik für Psychiatrie, Psychotherapie und Psychosomatik, an der Klinik für Alterspsychiatrie, an der Klinik für Kinder- und Jugendpsychiatrie und Psychotherapie sowie an der Klinik für Forensische Psychiatrie durchgeführt. Alle vier Kliniken sind von der FMH anerkannte Weiterbildungsstätten. Diese ermöglichen als Weiterbildungsstätte der Kategorie A die Facharztweiterbildung im stationären, tagesklinischen sowie im ambulanten Setting.
Das Zentrum für Integrative Psychiatrie ermöglicht als Weiterbildungsstätte der Kategorie C die Facharztweiterbildung im stationären rehabilitativen Setting.
Im Zentrum für Stationäre Forensische Therapie lassen sich zudem die für die Facharztanerkennung Psychiatrie und Psychotherapie erforderlichen Gutachten erstellen.
Die Psychotherapie-Ausbildung ist ein wesentlicher Bestandteil der Facharzt-Weiterbildung. Die Kliniken der PUK sind in den Ausbildunginstituten für Psychotherapie in der Leitung und Weiterbildung aktiv.
