Eugen Bleuler korrespondierte intensiv mit Sigmund Freud und integrierte Freuds Erkenntnisse in seine Theorien und Therapien.
Während die psychoanalytische Lehre in Deutschland zunächst auf erhebliche Ablehnung stösst, wird sie am Burghölzli im akademischen und institutionellen Betrieb integriert.
Die klinische Zusammenarbeit zwischen Freud und dem Burghölzli findet zwischen 1904 und 1913 statt und wird massgeblich durch C. G. Jung begleitet und geprägt. Eugen Bleuler und Sigmund Freud geben zwischen 1909 und 1913 zusammen das Jahrbuch für psychoanalytische und psychopathologische Forschungen heraus.
Am Burghölzli arbeiten mehrere Wissenschaftler, die später als Psychoanalytiker bekannt werden:
Die Schweizer C. G. Jung (1875–1961), Ludwig Binswanger (1881–1966) und Hermann Rorschach (1884–1922) sowie unter anderem Ausländer wie Karl Abraham, Max Eitingon und Abraham Brill.
